Osobně to řeším tak, že součástce vytvořím nové pouzdro odpovídající tomu, jak bude připojená, případně dám do schématu jen připojovací body (nějaký konektor nebo testpoint se v knihovnách vždy najde), ale to trochu znečitelňuje schéma. Pro potenciometr, nebo LED se dá najít pouzdro s roztečí 2.5 mm tam to řešit nemusim (stačí ho pak jen umístit na příslušný okraj desky), ale řešil jsem to nedávno třeba u displeje (ve schématu mám normálně displej, tedy krásně přehledné hlavně potom kvůli programu, kde musím vědět, kam jsem so připojil a na tišťáku dvouřadý konektor).
Stejně to musíš do desky nějak připojit, přes pájecí body, nebo přes konektor a to co je externě, tak nezapojíš a umístíš mimo desku.
Pokud to chceš finalizovat bez nezapojených součástek, tak si uděláš kopii projektu a smažeš je ve schematu.