Přece ve FormatFactory máš funkci MUX i Video sloučení: v obou si můžeš příslušní video otevřít a vybrat k uložení úsek, který potřebuješ.
A pak ve stejném programu ty kousky zase sloučíš.
Samozřejmě v Pinnaclu, nebo MovAvi Suite to jde pohodlněji, ale ty jsou placené.